摩周站在1929年設站時，是根據所在地行政區而命名為弟子屈，1990年為了促進觀光，根據附近知名的火山湖—摩周湖，將站名改為摩周。

摩周站在站前街道旁設有一個足湯(足湯泉源-摩周溫泉)，是當地居民與觀光客經常休憩逗留的場所，從站外阿寒巴士站可轉駁至神秘之湖「摩周湖」，摩周溫泉及阿寒湖溫泉，本站為泡湯者熱門中轉站。